Kyoto Minsai fue fundada el 9 de octubre de 2001 por su director, Masamichi Yamamoto, en la ciudad de Kioto. Desde sus inicios, la institución ha tenido como objetivo ofrecer una educación de alta calidad en lengua japonesa dentro de un entorno internacional.

En marzo de 2004, la escuela se trasladó a su actual campus de Tenjingawa, donde continúa desarrollando sus actividades académicas.

En junio de 2007, se constituyó oficialmente como Kyoto Minsai Co., Ltd., fortaleciendo su organización y crecimiento institucional.

En abril de 2009, se inauguró un programa de formación de profesores de japonés, dirigido por el profesor emérito Fumio Tamamura, de la Universidad de Doshisha, ampliando así su contribución al ámbito educativo.

Originalmente, la escuela admitía estudiantes dos veces al año; desde 2011, amplió sus convocatorias a cuatro periodos anuales: enero, abril, julio y octubre.

Hoy en día, Kyoto Minsai recibe estudiantes de alrededor de 50 países, creando una comunidad multicultural diversa y dinámica.

Su capacidad oficial de matrícula, aprobada por el Ministerio de Justicia, es de 813 estudiantes (actualizada en octubre de 2023).

Desde abril de 2025, la institución cuenta con certificaciones oficiales como centro de formación práctica y de formación de profesores de japonés.

Además, a partir de octubre de 2025, Kyoto Minsai se convertió en una institución acreditada por el Ministerio de Educación (MEXT), ofreciendo tres programas especializados: el Curso Académico, el Curso de Preparación Empresarial y Comunicación, y el Curso de Lengua y Cultura Japonesas.